Với nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp mới nhập khẩu vào Việt Nam, quy trình khai báo hải quan luôn là “nút thắt” khó gỡ: hồ sơ nhiều, thuật ngữ chuyên môn, hệ thống VNACCS, các loại thuế, luồng xanh – vàng – đỏ… Chỉ cần sai một chi tiết nhỏ là hàng có thể bị ách tắc, phát sinh chi phí lưu bãi, lưu container rất lớn tại cảng.
Trong bài viết này, Mison Trans tổng hợp quy trình làm thủ tục hải quan thực tế theo 7 bước rõ ràng, giúp anh/chị dễ hình dung toàn bộ hành trình thông quan hàng nhập khẩu tại Việt Nam – từ khi tàu cập cảng đến khi hàng về đến kho. Đồng thời, anh/chị cũng sẽ thấy vì sao nên chuẩn hóa quy trình dịch vụ hải quan ngay từ đầu để tránh rủi ro về sau.
Tóm tắt nhanh quy trình khai báo hải quan (7 bước)
Trong bài viết này, Mison Trans sẽ hướng dẫn quy trình khai báo hải quan chi tiết từ A–Z cho hàng nhập khẩu vào Việt Nam, gồm 7 bước chính:
- Kiểm tra chứng từ: Rà soát Invoice, Packing List, Hợp đồng, B/L, C/O, giấy phép, chứng thư… đảm bảo đầy đủ – khớp nhau – đúng quy định.
- Xác định mã HS & thuế: Chọn đúng mã HS theo bản chất hàng hóa, từ đó xác định thuế nhập khẩu, VAT và các loại thuế liên quan; ước tính trước tổng số thuế phải nộp.
- Chuẩn bị hồ sơ khai báo: Tổng hợp bộ hồ sơ khai báo hải quan theo đúng loại hình và chính sách mặt hàng (kinh doanh, gia công, SX–XK, tạm nhập tái xuất…).
- Mở tờ khai trên hệ thống VNACCS/VCIS: Khai tờ khai điện tử, nhận kết quả phân luồng xanh – vàng – đỏ và xử lý theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
- Xử lý kiểm tra chuyên ngành (nếu có): Đăng ký, nộp hồ sơ, lấy kết quả kiểm tra chất lượng, kiểm dịch, an toàn thực phẩm, năng lượng… tùy loại hàng.
- Nộp thuế & hoàn tất thông quan: Nộp đủ các khoản thuế, lệ phí; hệ thống ghi nhận “Đã thông quan”.
- Lấy hàng tại cảng & giao hàng về kho: Lấy D/O, thanh toán phí local charge, đăng ký nhận hàng, kéo hàng về kho, bàn giao chứng từ đầy đủ.
Các phần bên dưới sẽ đi sâu từng bước, kèm theo lưu ý thực tế và gợi ý tối ưu để bạn hạn chế tối đa rủi ro phát sinh.
Nếu doanh nghiệp không có nhân sự chuyên trách hoặc chưa quen việc, bạn có thể cân nhắc dịch vụ khai thuê hải quan của Mison Trans để đảm bảo tiến độ giao hàng và kiểm soát rủi ro tốt hơn.
Bước 1: Kiểm tra chứng từ – “Chốt” 70–80% khả năng thông quan
Trước khi nghĩ đến chuyện “mở tờ khai”, bước quan trọng nhất là rà soát bộ chứng từ. Một bộ chứng từ đầy đủ, đúng và khớp với nhau sẽ quyết định 70–80% khả năng thông quan nhanh hay chậm. Nếu phát hiện sai, doanh nghiệp nên yêu cầu nhà cung cấp chỉnh sửa ngay trước khi mở tờ khai.
1. Commercial Invoice (Hóa đơn thương mại)
Doanh nghiệp cần kiểm tra:
- Tên người bán – người mua, địa chỉ, mã số thuế (nếu có)
- Điều kiện giao hàng (Incoterms), điều kiện thanh toán
- Giá, loại tiền tệ, số lượng, đơn giá, tổng trị giá
- Mã hàng, mô tả hàng hóa, xuất xứ
Lưu ý: Tên hàng và mô tả trên Invoice nên đủ chi tiết để phục vụ việc xác định mã HS và chính sách mặt hàng (chất liệu, công dụng, dạng sản phẩm…).
2. Packing List (Phiếu đóng gói)
Cần đối chiếu kỹ các thông tin:
- Số kiện, số pallet
- Trọng lượng gross/net
- Thể tích, cách đóng gói, ký mã hiệu
Packing List phải khớp với vận đơn và thực tế hàng hóa. Nếu số kiện trên chứng từ khác thực tế, rất dễ bị hải quan yêu cầu giải trình, kiểm tra thực tế nhiều hơn.
3. Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract)
Doanh nghiệp cần kiểm tra:
- Điều khoản thanh toán
- Điều kiện giao hàng (FOB, CIF, FCA, EXW…)
- Điều khoản về chứng từ, thời gian giao hàng
- Điều khoản xử lý tranh chấp
Hợp đồng là cơ sở pháp lý để cơ quan hải quan, cơ quan thuế hoặc ngân hàng đối chiếu khi cần, đặc biệt trong các trường hợp kiểm tra sau thông quan.
4. C/O – Giấy chứng nhận xuất xứ (nếu có / nếu cần)
Với các lô hàng có xin ưu đãi thuế, C/O cực kỳ quan trọng:
- Kiểm tra loại C/O (Form E, Form D, Form AK, RCEP…)
- Tiêu chí xuất xứ
- Dấu mộc, chữ ký, ngày cấp
- Thông tin người bán – người mua – mã hàng – trọng lượng – trị giá
C/O ảnh hưởng trực tiếp đến thuế nhập khẩu được hưởng ưu đãi hay không. Nếu C/O sai hoặc không hợp lệ, doanh nghiệp có thể mất luôn quyền hưởng ưu đãi và phải nộp thuế theo mức thông thường.
5. Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill)
Doanh nghiệp cần xem kỹ:
- Loại vận đơn: FCL/LCL (đường biển) hoặc AWB (đường hàng không)
- Số container, số seal
- Cảng xếp / cảng dỡ, tên tàu / chuyến bay, ngày tàu chạy
- Thông tin người gửi, người nhận, Notify
Lưu ý: Thông tin Consignee/Notify phải khớp với doanh nghiệp đứng tên nhập khẩu. Nếu không, sẽ phát sinh thủ tục chuyển nhượng B/L, vừa mất thời gian, vừa tăng chi phí.
6. Các chứng từ khác (tùy lô hàng)
Tùy từng mặt hàng và thỏa thuận, có thể có thêm:
- Catalogue, tài liệu kỹ thuật
- COA (Certificate of Analysis), MSDS (Material Safety Data Sheet)
- Giấy phép nhập khẩu, tiêu chuẩn kỹ thuật, hợp đồng ủy quyền…
Cần đảm bảo tất cả chứng từ đầy đủ – nhất quán – phù hợp quy định. Nếu có điểm nào chưa rõ, nên xử lý với nhà cung cấp ngay khi hàng chưa về hoặc trước khi mở tờ khai, tránh phải giải trình, sửa tờ khai về sau.
→ Xem thêm: “Hồ sơ khai báo hải quan cho hàng nhập khẩu – Danh sách A–Z” (liệt kê chi tiết từng loại chứng từ).
Bước 2: Xác định mã HS & thuế – Tránh rủi ro truy thu, ấn định
Sau khi bộ chứng từ đã tương đối ổn, bước tiếp theo là xác định mã HS – khâu nhiều doanh nghiệp chủ quan nhưng lại quyết định trực tiếp đến: thuế suất, giấy phép, kiểm tra chuyên ngành và nguy cơ bị ấn định thuế, truy thu, xử phạt sau thông quan.
1. Xác định mã HS
Khi chọn mã HS, doanh nghiệp nên căn cứ vào:
- Mô tả chi tiết hàng hóa: cấu tạo, chất liệu, công dụng chính, cách thức hoạt động
- Catalogue/Manual của nhà sản xuất
- Chú giải chương, chú giải nhóm trong Biểu thuế xuất nhập khẩu hiện hành
- Các công văn, hướng dẫn phân loại (nếu đã có tiền lệ với mặt hàng tương tự)
Với những mặt hàng phức tạp (máy móc, thiết bị, linh kiện), việc “tự đoán mã HS” rất rủi ro. Ở Mison Trans, trước mỗi mặt hàng mới, đội ngũ đều:
- Thu thập đầy đủ thông tin kỹ thuật, hình ảnh, catalogue
- Đề xuất mã HS dự kiến, thuế suất, chính sách mặt hàng, cảnh báo rủi ro nếu có
- Thông tin cho khách trước khi chốt hợp đồng để chủ động kế hoạch tài chính và giấy phép
→ Xem thêm: “Tra cứu mã HS: Cách tra mã đúng và tránh những sai lầm phổ biến”.
2. Xác định các loại thuế phải nộp
Dựa trên mã HS, doanh nghiệp sẽ biết:
- Thuế nhập khẩu (MFN/Ưu đãi đặc biệt theo C/O)
- Thuế VAT nhập khẩu
- Thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường… (nếu áp dụng)
Doanh nghiệp nên ước tính trước tổng số thuế, theo các bước cơ bản:
- Thuế nhập khẩu = Trị giá tính thuế × Thuế suất NK
- Thuế VAT = (Trị giá tính thuế + Thuế NK + thuế khác) × Thuế suất VAT
Việc ước lượng trước tổng số thuế giúp doanh nghiệp:
- Chủ động nguồn tiền khi hàng về cảng
- Tránh tình trạng “hàng nằm cảng chờ tiền thuế”, phát sinh phí lưu bãi, lưu container
→ Xem thêm: “Thuế nhập khẩu: 5 loại thuế phải biết và cách tính chi tiết”.
Bước 3: Chuẩn bị hồ sơ khai báo hải quan
Đây là bước tổng hợp toàn bộ chứng từ thành bộ hồ sơ khai báo hải quan hoàn chỉnh. Tùy loại hình (nhập kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất…), hồ sơ có thể thêm bớt một số giấy tờ, nhưng về cơ bản sẽ bao gồm:
- Tờ khai hải quan (bản điện tử + bản in khi cần)
- Commercial Invoice
- Packing List
- Hợp đồng ngoại thương
- Vận đơn (B/L hoặc AWB)
- C/O (nếu có)
- Giấy phép nhập khẩu (nếu thuộc diện quản lý)
- Đăng ký kiểm tra chuyên ngành (nếu phải làm trước thông quan)
- Các chứng từ khác theo yêu cầu
Chuẩn bị hồ sơ kỹ ở bước này giúp quy trình xử lý ở chi cục hải quan trôi chảy, ít phải bổ sung, ít phải giải trình.
Bước 4: Mở tờ khai hải quan trên hệ thống VNACCS/VCIS
Khi mọi thứ đã sẵn sàng, doanh nghiệp hoặc đơn vị dịch vụ sẽ mở tờ khai điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS. Sau khi khai, hệ thống sẽ phân luồng (xanh – vàng – đỏ) dựa trên nhiều tiêu chí quản lý rủi ro.
1. Khai báo dữ liệu trên hệ thống
Một số thông tin chính cần khai:
- Thông tin người nhập khẩu (mã số thuế, địa chỉ…)
- Mã loại hình nhập khẩu (A11, A12, E31, E41…)
- Thông tin vận đơn, số kiện, trọng lượng, cảng xếp/dỡ
- Điều kiện giao hàng, điều kiện thanh toán
- Thông tin từng dòng hàng: tên hàng, mô tả, mã HS, số lượng, đơn giá, trị giá tính thuế, xuất xứ…
Nếu dữ liệu hợp lệ, hệ thống ghi nhận và trả về số tờ khai.
2. Hệ thống phân luồng: xanh – vàng – đỏ
Sau khi đăng ký tờ khai, hệ thống tự động phân luồng:
- Luồng xanh:
- Thường chỉ cần nộp thuế (nếu có) là có thể thông quan.
- Không hoặc ít phải xuất trình chứng từ bản giấy.
- Luồng vàng:
- Hải quan kiểm tra hồ sơ, chứng từ: Invoice, Hợp đồng, C/O, giấy phép, chứng thư chuyên ngành…
- Có thể yêu cầu bổ sung hoặc giải trình một số điểm chưa rõ.
- Luồng đỏ:
- Kiểm tra hồ sơ + kiểm tra thực tế hàng hóa (kiểm hóa).
- Tỷ lệ kiểm hóa (5%, 10%, 100%…) tùy từng tờ khai và mặt hàng.
Ở bước này, độ chính xác của hồ sơ và cách giải trình của người làm thủ tục ảnh hưởng rất lớn đến thời gian xử lý. Một đơn vị dịch vụ có kinh nghiệm sẽ biết cần chuẩn bị gì trước, trả lời công chức hải quan thế nào để tiết kiệm thời gian cho doanh nghiệp.
Bước 5: Kiểm tra chuyên ngành (nếu có)
Với nhiều mặt hàng, kiểm tra chuyên ngành là khâu khiến doanh nghiệp dễ bị “chậm thông quan” nhất, đặc biệt khi chưa chuẩn bị hồ sơ sớm từ trước.
Một số ví dụ thường gặp:
- Thực phẩm, phụ gia thực phẩm → kiểm tra an toàn thực phẩm
- Mỹ phẩm → công bố sản phẩm, kiểm tra chất lượng
- Máy móc, thiết bị → kiểm tra chất lượng nhà nước, hiệu suất năng lượng, an toàn lao động
- Sản phẩm nông nghiệp, gỗ, động thực vật → kiểm dịch, hun trùng
Một số hóa chất, vật liệu chuyên dụng → giấy phép của bộ ngành, chứng nhận phù hợp quy chuẩn…
Quy trình thường gồm:
- Đăng ký kiểm tra chuyên ngành (online hoặc trực tiếp, tùy cơ quan)
- Nộp hồ sơ & mang mẫu (nếu yêu cầu lấy mẫu thử nghiệm)
- Chờ kết quả và nộp lại cho cơ quan hải quan để hoàn tất thông quan
Nếu không chuẩn bị từ sớm (ví dụ: chưa đăng ký kiểm tra, chưa có giấy phép), doanh nghiệp rất dễ rơi vào tình trạng:
- Hàng đã về cảng nhưng hồ sơ chuyên ngành chưa xong
- Phát sinh thêm chi phí lưu container, lưu bãi, đổi lệnh, kéo dài thời gian giao hàng.
Bước 6: Nộp thuế & hoàn tất thông quan
Khi tờ khai đã được hải quan chấp nhận, kiểm tra chuyên ngành (nếu có) đã xong, doanh nghiệp cần nộp đầy đủ các khoản thuế để hệ thống ghi nhận trạng thái “Đã thông quan”.
1. Nộp thuế
Hiện nay, doanh nghiệp có thể nộp thuế bằng nhiều hình thức:
- Nộp thuế điện tử qua cổng eTax của Tổng cục Thuế
- Nộp qua ngân hàng thương mại liên kết với hệ thống hải quan
- Trích nợ tự động từ tài khoản chuyên thu thuế hải quan
Việc nộp thuế đúng và đủ giúp tờ khai đủ điều kiện thông quan ngay khi hải quan chấp nhận.
2. Thông quan
Sau khi:
- Thuế đã được ghi nhận trên hệ thống
- Tờ khai không còn vướng mắc về hồ sơ, chuyên ngành
- Không có yêu cầu bổ sung nào khác
Hệ thống hải quan sẽ cập nhật trạng thái: “Đã thông quan”. Từ thời điểm này, doanh nghiệp có thể tiến hành các bước tiếp theo để lấy hàng ra khỏi cảng/kho.
Bước 7: Lấy hàng tại cảng – giao hàng tận kho
Khi tờ khai đã thông quan, phần việc tiếp theo thuộc về khâu logistics & giao nhận. Nếu anh/chị sử dụng dịch vụ trọn gói, toàn bộ phần này sẽ do đơn vị dịch vụ lo từ A–Z.
Các bước chính:
- Lấy lệnh giao hàng (D/O) từ hãng tàu/forwarder (đường biển) hoặc xác nhận hàng về kho (đường hàng không)
- Đăng ký lấy hàng tại cảng/kho: đặt lịch hạ/nhận container, đăng ký xe, tài xế…
- Thanh toán các loại phí tại cảng & hãng tàu: THC, D/O fee, vệ sinh container, nâng hạ, phí lưu bãi, lưu container, CFS (nếu LCL)…
- Bốc dỡ, vận chuyển hàng về kho: kiểm tra container, số seal, tình trạng trước khi nhận; ký nhận biên bản nếu có bất thường
- Bàn giao chứng từ cho doanh nghiệp: tờ khai, Invoice, PL, B/L, C/O, chứng từ chuyên ngành, phiếu giao nhận…
Với các doanh nghiệp tại TP.HCM và khu vực phía Nam, việc phối hợp nhịp nhàng giữa đội hiện trường, hãng tàu, cảng và kho giúp giảm đáng kể chi phí phát sinh.
Nhanh hơn – an toàn hơn với dịch vụ hải quan trọn gói của Mison Trans
Thực hiện đúng quy trình khai báo hải quan không chỉ là “cho xong lô hàng”, mà còn là bảo vệ doanh nghiệp trước rủi ro hậu kiểm, truy thu, phạt chậm nộp… trong nhiều năm sau.
Nếu doanh nghiệp của bạn:
- Không có phòng XNK chuyên trách
- Đội ngũ hiện tại chưa vững về mã HS, chính sách thuế, chuyên ngành
- Đang mất quá nhiều thời gian cho các công việc tại cảng, kho, cơ quan chuyên ngành
Thì hợp tác với một đơn vị dịch vụ hải quan uy tín là lựa chọn đáng cân nhắc.
Với hơn chục năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics & hải quan, Mison Trans hỗ trợ:
- Tư vấn trước khi nhập hàng: Rà soát chứng từ, gợi ý mã HS, ước tính thuế & chi phí, cảnh báo rủi ro để anh/chị chủ động kế hoạch tài chính.
- Thực hiện trọn gói quy trình làm thủ tục hải quan: Từ mở tờ khai, xử lý luồng vàng/đỏ, làm chuyên ngành cho tới nộp thuế & thông quan.
- Tổ chức vận chuyển & giao hàng tận kho: Kết nối đội xe, bốc xếp, giao hàng, bàn giao chứng từ đầy đủ, đặc biệt thuận lợi cho doanh nghiệp tại TP.HCM và các khu công nghiệp lân cận.
- Cam kết minh bạch chi phí: Báo giá rõ ràng, không phí ẩn, cập nhật tình trạng lô hàng liên tục qua Zalo/Email.
Doanh nghiệp có thể:
- Xem thêm Dịch vụ khai hải quan trọn gói của Mison Trans
- Tham khảo bảng giá dịch vụ khai báo hải quan (giá tham khảo, linh hoạt theo loại hàng & số lượng)
- Hoặc để lại thông tin, đội ngũ Mison Trans sẽ tư vấn lộ trình tối ưu và chi phí cụ thể cho từng lô hàng.
—————————————-
MISON TRANS – DỊCH VỤ HẢI QUAN – VẬN CHUYỂN QUỐC TẾ
- Head Office: 200 QL13 (Cũ), Khu phố 1, Phường Hiệp Bình, TP. Hồ Chí Minh
- Văn phòng HCM: 13 Đường số 7, KDC Cityland Center Hills, Phường Hạnh Thông, TP. Hồ Chí Minh
- Chi nhánh Hà Nội: Tầng 9 Tòa Minori, Số 67A Phố Trương Định, Phường Trương Định, Quận Hai Bà Trưng, TP. Hà Nội
- Hotline: 1900 63 63 48
- Email: cs1@misontrans.com
