Nhiều doanh nghiệp cho rằng khi lô hàng đã được thông quan và đưa về kho, toàn bộ thủ tục hải quan đã hoàn tất và không còn rủi ro pháp lý nào. Tuy nhiên trên thực tế, đây chỉ mới là bước đầu của quá trình quản lý hải quan.
Cơ quan hải quan vẫn có quyền kiểm tra sau thông quan và nếu phát hiện sai sót trong quá trình khai báo, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế sau khi đã thông quan hàng hóa, thậm chí phải chịu thêm tiền phạt và tiền chậm nộp.
Không ít doanh nghiệp nhập khẩu đã gặp trường hợp bị truy thu hàng trăm triệu hoặc thậm chí hàng tỷ đồng chỉ vì sai sót nhỏ trong hồ sơ khai báo.
Vậy truy thu thuế sau thông quan là gì? Khi nào xảy ra? Làm thế nào để tránh rủi ro này? Hãy cùng Mison Trans tìm hiểu chi tiết trong bài viết dưới đây.
Truy thu thuế sau thông quan là gì?


Truy thu thuế sau thông quan là việc cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra lại hồ sơ, chứng từ và quá trình khai báo của doanh nghiệp sau khi hàng hóa đã được thông quan.
Nếu trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan phát hiện doanh nghiệp:
- Khai sai mã HS
- Khai sai trị giá hải quan
- Áp dụng sai thuế suất
- Sử dụng chứng từ không hợp lệ
thì doanh nghiệp sẽ phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu. Đây chính là khoản truy thu thuế sau khi hàng hóa đã thông quan.
Trong đó, sai mã HS là một trong những nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến sai thuế và bị truy thu. Doanh nghiệp có thể xem thêm bài sai mã HS có sao không để hiểu rõ hơn các rủi ro phát sinh khi áp mã chưa phù hợp.
Ngoài số thuế phải nộp bổ sung, doanh nghiệp còn có thể phải chịu:
- Tiền phạt hành chính
- Tiền chậm nộp thuế
- Chi phí xử lý hồ sơ bổ sung
Do đó, việc hiểu rõ quy định về truy thu thuế sau khi thông quan là rất quan trọng đối với các doanh nghiệp đang thực hiện hoạt động nhập khẩu.
Nếu doanh nghiệp chưa chắc hồ sơ nhập khẩu, mã HS, trị giá khai báo hoặc chứng từ đang lưu có đủ cơ sở giải trình hay không, nên kiểm tra lại từ sớm để hạn chế rủi ro bị truy thu thuế sau thông quan.
Sai mã HS, trị giá khai báo hoặc hồ sơ lưu chưa đầy đủ có thể khiến doanh nghiệp bị truy thu, hậu kiểm hoặc yêu cầu giải trình sau thông quan. Gửi tình trạng hiện tại để Mison Trans rà sơ bộ và tư vấn hướng xử lý phù hợp. Rà mã HS, trị giá, hồ sơ khai báo Kiểm tra nguy cơ truy thu, hậu kiểm Tư vấn hướng chuẩn bị hồ sơ giải trình Hạn chế giữ hàng, bổ sung hồ sơ Thông tin của bạn chỉ được dùng để tư vấn và rà soát sơ bộ.

Đã thông quan rồi, nhưng vẫn lo bị truy thu hoặc hậu kiểm?
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
Kiểm tra sau thông quan là gì?


Kiểm tra sau thông quan là hoạt động của cơ quan hải quan nhằm kiểm tra tính chính xác, trung thực của việc khai báo hải quan sau khi hàng hóa đã được thông quan.
Mục tiêu của hoạt động này là:
- Đảm bảo doanh nghiệp khai báo đúng quy định
- Ngăn chặn gian lận thương mại
- Đảm bảo thu đúng, thu đủ thuế cho ngân sách nhà nước
Việc kiểm tra sau thông quan có thể được thực hiện tại:
- Trụ sở cơ quan hải quan
- Trụ sở doanh nghiệp
Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp:
- Hợp đồng mua bán
- Invoice
- Packing list
- Chứng từ thanh toán
- Catalogue hàng hóa
- Hồ sơ kỹ thuật
Nếu phát hiện sai sót, cơ quan hải quan sẽ ra quyết định truy thu thuế sau thông quan.
Để hạn chế thiếu sót khi lưu hồ sơ, doanh nghiệp nên đối chiếu lại với checklist hồ sơ nhập khẩu và lưu trữ đầy đủ chứng từ theo từng lô hàng ngay từ thời điểm thông quan.
Thời hạn truy thu thuế sau thông quan là bao lâu?


Một trong những câu hỏi mà nhiều doanh nghiệp quan tâm là:
Sau bao lâu thì không bị truy thu thuế?
Theo quy định hiện hành, cơ quan hải quan có quyền kiểm tra và truy thu thuế trong vòng 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.
Điều này có nghĩa là: Ngay cả khi lô hàng đã thông quan từ 2 – 3 năm trước, doanh nghiệp vẫn có thể bị kiểm tra lại hồ sơ. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp vẫn phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu.
Do đó, doanh nghiệp nên:
- Lưu trữ hồ sơ nhập khẩu đầy đủ
- Đảm bảo khai báo chính xác ngay từ đầu
để tránh rủi ro bị truy thu thuế sau khi thông quan.
Tại Mison Trans, toàn bộ hồ sơ khai hải quan và chứng từ liên quan của khách hàng đều được lưu trữ 5 năm, giúp doanh nghiệp dễ dàng tra cứu khi cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra sau thông quan hoặc cần đối chiếu chứng từ.
6 nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế sau thông quan


Trên thực tế, phần lớn các trường hợp truy thu thuế sau khi hàng hóa được thông quan xảy ra do những sai sót sau.
1. Khai sai mã HS
Sai mã HS là nguyên nhân phổ biến nhất khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế.
Mỗi loại hàng hóa đều có mã HS riêng, tương ứng với mức thuế khác nhau. Nếu doanh nghiệp khai sai mã HS dẫn đến thuế suất thấp hơn, cơ quan hải quan có thể yêu cầu:
- Điều chỉnh mã HS
- Truy thu phần thuế chênh lệch
Ví dụ: Một doanh nghiệp nhập khẩu linh kiện ô tô nhưng khai mã HS thuộc nhóm thuế suất thấp hơn. Sau khi kiểm tra sau thông quan, cơ quan hải quan xác định mã HS đúng có mức thuế cao hơn → doanh nghiệp phải nộp bổ sung phần thuế thiếu.
2. Khai sai trị giá hải quan
Trị giá hải quan là cơ sở để tính thuế nhập khẩu và thuế VAT. Nếu doanh nghiệp khai trị giá thấp hơn thực tế, số thuế phải nộp sẽ giảm. Khi bị phát hiện, doanh nghiệp sẽ bị truy thu thuế sau thông quan.
Một số sai sót thường gặp gồm:
- Khai thiếu phí vận chuyển
- Khai thiếu phí bảo hiểm
- Không cộng phí bản quyền
- Không cộng phí đóng gói
3. Áp dụng sai thuế suất ưu đãi
Nhiều doanh nghiệp áp dụng thuế suất ưu đãi từ các hiệp định thương mại tự do (FTA). Tuy nhiên nếu:
- C/O không hợp lệ
- C/O sai form
- C/O khai sai thông tin
thì cơ quan hải quan có thể từ chối ưu đãi thuế và yêu cầu doanh nghiệp nộp bổ sung thuế theo mức thông thường.
4. Mô tả hàng hóa không chính xác
Một số doanh nghiệp mô tả hàng hóa quá chung chung hoặc không đúng bản chất.
Ví dụ:
- Khai “linh kiện điện tử” nhưng thực tế là thiết bị hoàn chỉnh
- Khai “phụ tùng ô tô” nhưng thực tế là sản phẩm hoàn chỉnh
Sai sót này có thể dẫn đến việc áp sai mã HS và bị truy thu thuế sau thông quan.
Trước khi nhập khẩu, doanh nghiệp nên kiểm tra cách xác định chính sách mặt hàng trước khi nhập khẩu để hiểu rõ bản chất hàng hóa, yêu cầu chứng từ, mã HS và các điều kiện quản lý liên quan.
5. Hồ sơ chứng từ không đầy đủ
Trong quá trình kiểm tra sau thông quan, cơ quan hải quan có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp:
- Hợp đồng thương mại
- Invoice
- Packing list
- Chứng từ thanh toán
- Catalogue
Nếu doanh nghiệp không cung cấp được đầy đủ hồ sơ, cơ quan hải quan có thể ấn định lại trị giá hải quan và truy thu thuế.
Với các lô hàng đang chuẩn bị nhập, doanh nghiệp nên kiểm tra hồ sơ nhập khẩu trước khi hàng về để tránh thiếu chứng từ kỹ thuật, sai tên hàng hoặc không đủ cơ sở khai báo.
Trong nhiều trường hợp, sai sót trong khai báo không chỉ đến từ mã HS mà còn từ việc chuẩn bị chứng từ hoặc xác định trị giá hải quan. Khi đó, doanh nghiệp có thể cân nhắc sử dụng dịch vụ xuất nhập khẩu trọn gói để được hỗ trợ từ khâu kiểm tra hồ sơ, khai báo hải quan cho đến xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan.
6. Thay đổi chính sách hoặc rà soát mã HS
Trong một số trường hợp, mã HS của một số mặt hàng được xem xét và điều chỉnh lại.
Khi đó, các lô hàng đã nhập khẩu trước đó cũng có thể bị rà soát lại và doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế nếu áp dụng sai mã HS.
Doanh nghiệp có thể bị truy thu bao nhiêu tiền?


Khi bị truy thu thuế sau khi đã thông quan, doanh nghiệp có thể phải nộp:
1. Thuế còn thiếu
Bao gồm:
- Thuế nhập khẩu
- Thuế VAT
- Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có)
2. Tiền phạt hành chính
Tùy mức độ vi phạm, doanh nghiệp có thể bị xử phạt theo quy định.
3. Tiền chậm nộp thuế
Tiền chậm nộp hiện nay khoảng: 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp
Nếu khoản thuế lớn và thời gian kéo dài, số tiền này có thể rất đáng kể.
Khi bị truy thu thuế sau thông quan doanh nghiệp nên làm gì?


Nếu nhận được thông báo truy thu thuế sau thông quan, doanh nghiệp nên:
1. Kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ nhập khẩu
Bao gồm:
- Tờ khai hải quan
- Hợp đồng
- Invoice
- Chứng từ thanh toán
2. Làm việc với cơ quan hải quan
Trao đổi để hiểu rõ:
- Lý do truy thu
- Căn cứ pháp lý
3. Chuẩn bị hồ sơ giải trình
Nếu có căn cứ hợp lệ, doanh nghiệp có thể giải trình hoặc bổ sung hồ sơ.
Trường hợp phát hiện hồ sơ đã khai có sai sót cần điều chỉnh, doanh nghiệp có thể xem thêm hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ hải quan để hiểu hướng xử lý trước khi làm việc tiếp với cơ quan hải quan.
4. Nộp thuế bổ sung theo quy định
Trong trường hợp không có cơ sở để khiếu nại, doanh nghiệp nên nộp thuế bổ sung để tránh phát sinh thêm tiền chậm nộp.
Nếu doanh nghiệp nhận được thông báo kiểm tra sau thông quan, yêu cầu giải trình hoặc nghi ngờ hồ sơ cũ có sai sót, nên rà lại tờ khai, invoice, packing list, hợp đồng, chứng từ thanh toán, catalogue và mã HS trước khi phản hồi cơ quan hải quan.
Sai mã HS, trị giá khai báo hoặc hồ sơ lưu chưa đầy đủ có thể khiến doanh nghiệp bị truy thu, hậu kiểm hoặc yêu cầu giải trình sau thông quan. Gửi tình trạng hiện tại để Mison Trans rà sơ bộ và tư vấn hướng xử lý phù hợp. Rà mã HS, trị giá, hồ sơ khai báo Kiểm tra nguy cơ truy thu, hậu kiểm Tư vấn hướng chuẩn bị hồ sơ giải trình Hạn chế giữ hàng, bổ sung hồ sơ Thông tin của bạn chỉ được dùng để tư vấn và rà soát sơ bộ.

Đã thông quan rồi, nhưng vẫn lo bị truy thu hoặc hậu kiểm?
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
Trong quá trình khai báo hải quan, doanh nghiệp cũng có thể gặp phải một số lỗi hệ thống như thông tin doanh nghiệp không hiển thị hoặc mã số thuế không tồn tại trên hệ thống. Khi đó, việc hiểu rõ nguyên nhân và cách xử lý sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm rất nhiều thời gian. Bạn có thể tham khảo hướng dẫn chi tiết về trường hợp mã số thuế không tồn tại trên hệ thống hải quan để biết cách khắc phục.
Khi nào doanh nghiệp nên nhờ đơn vị hỗ trợ rà soát rủi ro sau thông quan?
Doanh nghiệp có thể tự rà soát hồ sơ nếu đã có đội ngũ xuất nhập khẩu nội bộ, nắm rõ mã HS, trị giá hải quan, chính sách mặt hàng và lưu trữ đầy đủ chứng từ theo từng lô hàng.
Tuy nhiên, doanh nghiệp nên nhờ đơn vị có kinh nghiệm hỗ trợ trong các trường hợp sau:
- Doanh nghiệp từng nhập khẩu nhiều lô nhưng chưa rà lại mã HS, trị giá và hồ sơ lưu.
- Có mặt hàng nhập khẩu mới, nhiều model hoặc tài liệu kỹ thuật chưa rõ.
- Từng khai mã HS theo tên hàng chung chung, chưa có cơ sở phân loại rõ ràng.
- Có sử dụng C/O ưu đãi nhưng chưa chắc chứng từ có hợp lệ hay không.
- Hồ sơ nhập khẩu thiếu catalogue, datasheet, chứng từ thanh toán hoặc tài liệu giải trình.
- Doanh nghiệp nhận được yêu cầu kiểm tra sau thông quan hoặc yêu cầu bổ sung hồ sơ.
- Có nghi ngờ khai sai thuế suất, trị giá, phí vận chuyển, bảo hiểm hoặc các khoản phải cộng.
- Nội bộ không có nhân sự chuyên xử lý hồ sơ hải quan sau thông quan.
- Doanh nghiệp muốn rà soát trước các lô hàng cũ để hạn chế rủi ro truy thu trong tương lai.
Việc rà soát sớm giúp doanh nghiệp phát hiện các điểm rủi ro trong hồ sơ, chuẩn bị tài liệu giải trình tốt hơn và chủ động phương án xử lý nếu phát sinh yêu cầu từ cơ quan hải quan.
Cách tránh bị truy thu thuế sau thông quan


Để hạn chế rủi ro bị truy thu thuế sau khi hàng hóa thông quan, doanh nghiệp nên:
1. Tra mã HS chính xác
Đây là yếu tố quan trọng nhất.
2. Chuẩn bị bộ chứng từ đầy đủ
Bao gồm:
- Hợp đồng
- Invoice
- Packing list
- Chứng từ thanh toán
3. Khai báo trị giá trung thực
Không nên khai giá thấp hơn thực tế để giảm thuế.
4. Kiểm tra C/O cẩn thận
Đảm bảo:
- Đúng form
- Đúng thông tin
- Đúng quy định
5. Sử dụng dịch vụ khai hải quan chuyên nghiệp
Nếu doanh nghiệp chưa có nhiều kinh nghiệm trong việc khai báo hải quan, việc sử dụng dịch vụ khai hải quan trọn gói sẽ giúp:
- Hạn chế sai sót trong khai báo
- Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ
- Giảm rủi ro bị truy thu thuế
Câu hỏi thường gặp về truy thu thuế sau thông quan
1. Truy thu thuế sau thông quan là gì?
Đây là việc cơ quan hải quan kiểm tra lại hồ sơ nhập khẩu sau khi hàng hóa đã thông quan và yêu cầu doanh nghiệp nộp bổ sung số thuế còn thiếu nếu phát hiện sai sót.
2. Sau bao lâu thì không bị truy thu thuế?
Theo quy định hiện hành, cơ quan hải quan có thể kiểm tra và truy thu thuế trong vòng 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.
3. Bị truy thu thuế có bị phạt không?
Ngoài số thuế phải nộp bổ sung, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính và tiền chậm nộp thuế.
Nếu doanh nghiệp muốn dự trù chi phí thuê ngoài khi cần rà hồ sơ hoặc khai báo, có thể xem thêm bảng báo giá dịch vụ khai thuê hải quan để có cơ sở tham khảo phạm vi hỗ trợ.
4. Làm thế nào để tránh bị truy thu thuế?
Doanh nghiệp nên:
- Tra mã HS chính xác
- Khai báo trung thực
- Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ
- Sử dụng dịch vụ khai hải quan chuyên nghiệp
Mison Trans – Hỗ trợ doanh nghiệp giảm rủi ro trong thủ tục hải quan
Với hơn 12 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics, Mison Trans hỗ trợ doanh nghiệp:
- Tư vấn mã HS
- Chuẩn bị hồ sơ nhập khẩu
- Khai báo hải quan chính xác
- Xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan
- Lưu trữ toàn bộ hồ sơ nhập khẩu tối thiểu 5 năm để phục vụ kiểm tra sau thông quan
Dịch vụ của Mison Trans giúp doanh nghiệp:
- Giảm rủi ro sai sót
- Hạn chế phát sinh chi phí
- Tránh các trường hợp bị truy thu thuế
Nếu doanh nghiệp đang lo ngại rủi ro truy thu thuế sau thông quan, sai mã HS, sai trị giá khai báo hoặc hồ sơ nhập khẩu chưa đủ cơ sở giải trình, hãy gửi thông tin lô hàng để Mison Trans kiểm tra sơ bộ và tư vấn phương án xử lý phù hợp.
Liên hệ Mison Trans để được hỗ trợ nhanh qua hotline.





