Trong quá trình làm việc thực tế với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, Mison Trans nhận thấy một thực tế rất rõ: đa phần rủi ro khi làm thủ tục hải quan không đến từ việc “không biết luật”, mà đến từ việc tiếp tục làm theo thói quen cũ khi quy định đã thay đổi.
Từ ngày 01/02/2026, Thông tư 121/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính chính thức có hiệu lực, sửa đổi và bổ sung nhiều nội dung quan trọng liên quan đến:
- Khai hải quan
- Hồ sơ, chứng từ
- Giám sát vận chuyển
- Trị giá hải quan và tham vấn giá
Nếu doanh nghiệp vẫn áp dụng cách làm trước đây, rất dễ rơi vào các tình huống như:
- Bị yêu cầu bổ sung hồ sơ không cần thiết
- Khai sai địa điểm đăng ký tờ khai
- Hiểu sai về khai bổ sung và bị từ chối
- Bị soi trị giá dù cho rằng mình “khai đúng”
Bài viết này không chép lại văn bản pháp lý, mà tổng hợp những thay đổi bắt buộc doanh nghiệp XNK phải biết, dưới góc nhìn của đội ngũ sales logistics trực tiếp xử lý hồ sơ thực tế tại Mison Trans.
Tổng quan về Thông tư 121/2025/TT-BTC
Cơ quan ban hành: Bộ Tài chính
Ngày hiệu lực: 01/02/2026
Văn bản được sửa đổi:
- Thông tư 38/2015/TT-BTC
- Thông tư 39/2018/TT-BTC
Mục tiêu của Thông tư 121
- Đơn giản hóa thủ tục hành chính hải quan
- Đẩy mạnh số hóa hồ sơ, chứng từ
- Phù hợp với mô hình Hải quan số – Hải quan thông minh
- Hạn chế cách hiểu và cách áp dụng không thống nhất giữa các Chi cục Hải quan
Những thay đổi quan trọng doanh nghiệp XNK bắt buộc phải nắm
Đây là những điểm Mison Trans gặp nhiều nhất khi tư vấn hồ sơ thực tế cho doanh nghiệp, và cũng là các lỗi dễ phát sinh nếu vẫn làm theo thói quen cũ.
1. Không phải lúc nào cũng cần mở tờ khai hải quan
Từ 01/02/2026, doanh nghiệp không phải nộp tờ khai hải quan khi chỉ thực hiện các thủ tục liên quan đến thuế, bao gồm:
- Miễn thuế, giảm thuế
- Hoàn thuế, không thu thuế
- Khoanh nợ, xóa nợ tiền thuế
- Gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế
- Xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế
→ Kinh nghiệm thực tế từ Mison Trans: Rất nhiều doanh nghiệp trước đây vẫn mở tờ khai “cho chắc”, dù chỉ xử lý hồ sơ thuế. Cách làm này từ 2026 không những không cần thiết mà còn dễ phát sinh lỗi không đáng có.
2. Chứng từ đã có trên hệ thống điện tử thì không phải nộp lại
Thông tư 121 quy định rõ:
Nếu chứng từ đã được cấp hoặc trao đổi dưới dạng điện tử qua:
- Cổng thông tin một cửa quốc gia
- Cổng dịch vụ công trực tuyến
- Cổng thông tin một cửa ASEAN
- Hệ thống trao đổi theo điều ước quốc tế
→ Người khai hải quan không phải nộp lại các chứng từ này.
Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý:
- Chứng từ phải hợp lệ
- Phải truy xuất được khi cơ quan hải quan kiểm tra
- Trách nhiệm quản lý hồ sơ vẫn thuộc về người khai
3. Có thể sử dụng tài khoản VNeID khi khai hải quan
Một điểm mới đáng chú ý tại Thông tư 121 là cho phép tổ chức, cá nhân sử dụng tài khoản VNeID để đăng ký tham gia hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử.
Điều này cho thấy định hướng:
- Liên thông dữ liệu định danh
- Giảm phụ thuộc vào tài khoản rời rạc, cá nhân
Với doanh nghiệp, việc này giúp thuận tiện hơn trong quản trị, nhưng cũng đòi hỏi quản lý phân quyền chặt chẽ, tránh phụ thuộc vào một người duy nhất.
4. Điều chỉnh địa điểm đăng ký tờ khai hải quan
Từ 01/02/2026, quy định về địa điểm đăng ký tờ khai được làm rõ hơn.
Đối với hàng xuất khẩu, doanh nghiệp có thể đăng ký tại:
- Hải quan nơi có trụ sở chính, chi nhánh hoặc cơ sở sản xuất
- Hải quan quản lý địa điểm tập kết hàng hóa
- Hải quan cửa khẩu xuất
Đối với hàng nhập khẩu, doanh nghiệp có thể đăng ký tại:
- Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa
- Cảng đích ghi trên vận đơn
- Hải quan nơi doanh nghiệp có trụ sở, chi nhánh hoặc cơ sở sản xuất
→ Lưu ý từ kinh nghiệm xử lý hồ sơ: Quy định linh hoạt hơn, nhưng không đồng nghĩa với việc chọn tùy ý. Nếu địa điểm đăng ký không phù hợp với luồng hàng và hồ sơ, doanh nghiệp vẫn có thể bị yêu cầu điều chỉnh.
5. Khai sửa đổi, khai bổ sung: dễ về hồ sơ nhưng chặt về điều kiện
Thông tư 121 đơn giản hóa hồ sơ khai bổ sung, nhưng đồng thời siết chặt điều kiện chấp nhận.
Cơ quan hải quan chỉ chấp nhận khai bổ sung khi:
- Có đủ căn cứ chứng minh nội dung khai là phù hợp
- Thông tin logic, nhất quán với hồ sơ và thực tế hàng hóa
Trong trường hợp hàng đã ra khỏi khu vực giám sát, việc khai bổ sung sẽ bị xem xét rất kỹ.
Từ thực tế tư vấn, Mison Trans luôn khuyến nghị doanh nghiệp:
Khai đúng ngay từ đầu vẫn là phương án an toàn nhất, không nên trông chờ vào khai bổ sung.
Thay đổi về giám sát vận chuyển mà doanh nghiệp hay bỏ sót
Đây là nhóm thay đổi ít được chú ý, nhưng lại ảnh hưởng trực tiếp đến các lô hàng chuyển tải, đổi phương tiện hoặc đi nhiều chặng.
1. Không còn khai tờ khai vận chuyển theo từng chặng
Đối với hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan:
- Không còn bắt buộc khai tờ khai vận chuyển theo từng chặng
- Thay vào đó, doanh nghiệp chỉ cần gửi văn bản đề nghị trong các trường hợp:
- Chuyển tải
- Thay đổi phương tiện vận chuyển
- Đóng chung với hàng xuất khẩu
Thủ tục được giản lược, nhưng trách nhiệm giám sát vẫn giữ nguyên.
2. Làm rõ trách nhiệm tại khu chuyển tải, sang mạn
Thông tư 121 quy định rõ trách nhiệm của:
- Doanh nghiệp
- Chi cục Hải quan khu vực
- Hãng tàu hoặc người được ủy quyền
- Cảng vụ
Việc làm rõ này giúp hạn chế tình trạng đùn đẩy trách nhiệm khi phát sinh sai lệch hàng hóa trong quá trình vận chuyển.
Trị giá hải quan và tham vấn – nội dung doanh nghiệp quan tâm nhất
Phần lớn các case bị kéo dài thông quan hoặc phát sinh chi phí đều xoay quanh tham vấn trị giá hải quan và cách doanh nghiệp giải trình.
1. Phân biệt rõ tham vấn gián tiếp và tham vấn trực tiếp
- Tham vấn gián tiếp:
- Thực hiện qua hệ thống điện tử
- Áp dụng cho doanh nghiệp có mức độ tuân thủ cao
- Tham vấn trực tiếp:
- Làm việc trực tiếp với cơ quan hải quan
- Có biên bản tham vấn
Điều này giúp doanh nghiệp không phải lúc nào cũng phải lên làm việc trực tiếp như trước.
2. Tham vấn một lần, sử dụng cho nhiều lô hàng
Nếu doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện:
- Tuân thủ tốt
- Thông tin hàng hóa, điều kiện mua bán không thay đổi
- Trị giá khai báo bằng hoặc cao hơn trị giá đã tham vấn
Kết quả tham vấn có thể được áp dụng tối đa 6 tháng tại cùng Chi cục Hải quan khu vực.
Đây là điểm giúp doanh nghiệp làm hàng thường xuyên giảm đáng kể rủi ro và chi phí tuân thủ.
Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì trước 01/02/2026?
Từ kinh nghiệm xử lý hồ sơ thực tế, Mison Trans khuyến nghị doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị trước khi Thông tư 121 được áp dụng chính thức.
- Rà soát lại SOP khai hải quan theo Thông tư 121
- Chuẩn hóa hồ sơ và lưu trữ chứng từ điện tử
- Không tiếp tục tư duy “khai sai rồi sửa”
- Cập nhật quy trình vận chuyển, chuyển tải
- Chuẩn bị hồ sơ trị giá và phương án tham vấn bài bản
Câu hỏi thường gặp về Thông tư 121/2025/TT-BTC
1. Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực khi nào?
Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/02/2026.
2. Doanh nghiệp có phải thay đổi toàn bộ cách khai hải quan không?
Không bắt buộc thay đổi toàn bộ, nhưng nhiều quy trình và thói quen cũ không còn phù hợp và cần được rà soát lại để tránh rủi ro.
3. Chứng từ điện tử có cần in ra nộp cho hải quan không?
Không. Nếu chứng từ đã hợp lệ và có trên hệ thống điện tử theo quy định, doanh nghiệp không cần in nộp, nhưng phải đảm bảo khả năng truy xuất khi được yêu cầu.
4. Khai sai rồi khai bổ sung có còn dễ như trước không?
Không. Theo Thông tư 121, cơ quan hải quan sẽ xem xét rất kỹ căn cứ và tính phù hợp của nội dung khai bổ sung, đặc biệt với các lô hàng đã thông quan.
Kết luận – Góc nhìn từ Mison Trans
Thông tư 121/2025/TT-BTC không chỉ là sửa một vài điều khoản, mà là thay đổi rõ rệt cách doanh nghiệp làm thủ tục hải quan từ thực tế hồ sơ đến cách cơ quan hải quan kiểm tra và đánh giá rủi ro.
Từ kinh nghiệm xử lý hồ sơ cho nhiều doanh nghiệp khi sử dụng dịch vụ hải quan, Mison Trans nhận thấy:
- Doanh nghiệp càng làm nhiều lô hàng
- Càng thường xuyên xử lý hàng có trị giá cao
- Thì mức độ rủi ro càng lớn nếu vẫn áp dụng quy trình và thói quen cũ
Rất nhiều vướng mắc không xuất phát từ việc “làm sai luật”, mà từ việc áp dụng quy định cũ trong bối cảnh mới, dẫn đến bị hỏi hồ sơ, bị yêu cầu giải trình hoặc phát sinh chi phí không đáng có.
Việc rà soát lại toàn bộ quy trình trước khi phát sinh lô hàng từ 01/02/2026 sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn, thay vì xử lý bị động khi hàng đã về.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang hoặc sắp làm hàng xuất nhập khẩu từ 01/02/2026, việc kiểm tra lại cách khai hải quan theo Thông tư 121 nên được thực hiện sớm, trước khi phát sinh lô hàng thực tế.
Mison Trans có thể hỗ trợ doanh nghiệp:
- Rà soát quy trình khai hải quan đang áp dụng
- Chỉ ra các điểm không còn phù hợp theo Thông tư 121/2025/TT-BTC
- Đề xuất phương án khai và chuẩn hóa hồ sơ theo hướng dễ kiểm tra – dễ giải trình – hạn chế rủi ro bị hỏi, bị soi hoặc phải khai bổ sung
Doanh nghiệp có thể để lại thông tin, Mison Trans sẽ xem nhanh case thực tế và tư vấn hướng xử lý phù hợp theo từng loại hàng và mô hình làm việc.
—————————————
MISON TRANS – DỊCH VỤ HẢI QUAN – VẬN CHUYỂN QUỐC TẾ
- Head Office: 200 QL13 (Cũ), Khu phố 1, Phường Hiệp Bình, TP. Hồ Chí Minh
- Văn phòng HCM: 13 Đường số 7, KDC Cityland Center Hills, Phường Hạnh Thông, TP. Hồ Chí Minh
- Chi nhánh Hà Nội: Tầng 9 Tòa Minori, Số 67A Phố Trương Định, Phường Trương Định, Quận Hai Bà Trưng, TP. Hà Nội
- Hotline: 1900 63 63 48
- Email: cs1@misontrans.com
